水の表面が紫色と黒の模様になってしまう原因がわかった。

あまり詳しくはまだ理解していないのだけど、水とかガラスとか、地面とかのテクスチャの光の反射を計算するためのポイント
エンティティにenv_cubemapというのがあって、これが古かったりすると紫色の例のあのテクスチャになるっぽい。

env_cubemapの説明
https://developer.valvesoftware.com/wiki/Env_cubemap

この表面の反射を再計算させるためのコマンドが以下で、これをすれば直るときは直るっぽい

buildcubemaps

この情報はどこかにキャッシュされてるっぽい。