すべての依存モジュールをカレントディレクトリ以下に落としてくるアーキテクチャがたぶんよくなくて、一度インストールしたバージョンについてはそれを参照する感じにしたほうが良いと思う。gemみたいな感じで。cpan側がそういう実装になってないみたいな感じなのかな。
たとえばAというプロジェクトでcarton installしても
Bというプロジェクトでcarton installすると全く同じバージョンのライブラリ使ってても毎回落としてきてるっぽいし、複製ができちゃってるっぽいのでHDDにもやさしくない